Markus J. Herrgard: шукати на сайті Z-Library

Найбільша колекція наукових статей у сіті. 70,000,000+ безкоштовних статей.

Пожертвування 15 вересня 2024 – 1 жовтня 2024

Z-Library - одна з найбільших онлайн-бібліотек у світі, в якій зберігається більше 17,000,000 книг та 84,837,000 статей. Ми намагаємось зробити літературу доступною кожному. Сьогодні (15 вересня 2024) ми відкриваємо додатковий збір пожертвувань на підтримку та розвиток проекту.

Також БЕЗЛІМТНІ завантаження (протягом 31 дня після завершення пожертвування) доступні для ВСІХ користувачів, які підтримають проект в період збору коштів до 1 жовтня 2024.

Про збір коштів Детальніше

Підтримати

Книги
Статті (59)
Найпопулярніші
Перелік
- Перелік
- Таблиця

Cameo: A Python Library for Computer Aided Metabolic Engineering and Optimization of Cell Factories

Cardoso, Joao, Jensen, Kristian, Lieven, Christian, Hansen, Anne Sofie Lærke, Galkina, Svetlana, Beber, Moritz Emanuel, Özdemir, Emre, Herrgard, Markus, Redestig, Henning, Sonnenschein, Nikolaus

Журнал:

ACS Synthetic Biology

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.52 MB

english, 2018

Network-based prediction of human tissue-specific metabolism

Shlomi, Tomer, Cabili, Moran N, Herrgård, Markus J, Palsson, Bernhard Ø, Ruppin, Eytan

Журнал:

Nature Biotechnology

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 609 KB

english, 2008

Multi-omics Quantification of Species Variation of Escherichia coli Links Molecular Features with Strain Phenotypes

Monk, Jonathan M., Koza, Anna, Campodonico, Miguel A., Machado, Daniel, Seoane, Jose Miguel, Palsson, Bernhard O., Herrgård, Markus J., Feist, Adam M.

Журнал:

Cell Systems

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 4.54 MB

english, 2016

Isolation and characterization of the E. coli membrane protein production strain Mutant56(DE3)

Baumgarten, Thomas, Schlegel, Susan, Wagner, Samuel, Löw, Mirjam, Eriksson, Jonas, Bonde, Ida, Herrgård, Markus J., Heipieper, Hermann J., Nørholm, Morten H. H., Slotboom, Dirk Jan, de Gier, Jan-Wille

Журнал:

Scientific Reports

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.62 MB

english, 2017

Editorial: Current Challenges in Modeling Cellular Metabolism

Machado, Daniel, Zhuang, Kai H., Sonnenschein, Nikolaus, Herrgård, Markus J.

Журнал:

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 81 KB

english, 2015

Machine learning framework for assessment of microbial factory performance

Oyetunde, Tolutola, Liu, Di, Martin, Hector Garcia, Tang, Yinjie J., Herrgard, Markus

Журнал:

PLoS ONE

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.62 MB

english, 2019

A metabolic reconstruction of Lactobacillus reuteri JCM 1112 and analysis of its potential as a cell factory

Kristjansdottir, Thordis, Bosma, Elleke F., Branco dos Santos, Filipe, Özdemir, Emre, Herrgård, Markus J., França, Lucas, Ferreira, Bruno, Nielsen, Alex T., Gudmundsson, Steinn

Журнал:

Microbial Cell Factories

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.84 MB

english, 2019

Reconstruction of microbial transcriptional regulatory networks

Markus J Herrgård, Markus W Covert, Bernhard Ø Palsson

Журнал:

Current Opinion in Biotechnology

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 267 KB

english, 2004

Microbial regulatory and metabolic networks

Byung-Kwan Cho, Pep Charusanti, Markus J. Herrgård, Bernhard ∅. Palsson

Журнал:

Current Opinion in Biotechnology

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 128 KB

english, 2007

Model-driven evaluation of the production potential for growth-coupled products of Escherichia coli

Adam M. Feist, Daniel C. Zielinski, Jeffrey D. Orth, Jan Schellenberger, Markus J. Herrgard, Bernhard Ø. Palsson

Журнал:

Metabolic Engineering

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 462 KB

english, 2010

Untangling the web of functional and physical interactions in yeast

Markus J Herrgård, Bernhard Ø Palsson

Журнал:

Journal of Biology

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 83 KB

english, 2005

Integrating high-throughput and computational data elucidates bacterial networks

Palsson, Bernhard O., Covert, Markus W., Knight, Eric M., Reed, Jennifer L., Herrgard, Markus J.

Журнал:

Nature

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 885 KB

english, 2004

A consensus yeast metabolic network reconstruction obtained from a community approach to systems biology

Herrgård, Markus J, Swainston, Neil, Dobson, Paul, Dunn, Warwick B, Arga, K Yalçin, Arvas, Mikko, Büthgen, Nils, Borger, Simon, Costenoble, Roeland, Heinemann, Matthias

Журнал:

Nature Biotechnology

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 263 KB

english, 2008

Quantitative prediction of cellular metabolism with constraint-based models: the COBRA Toolbox

Becker, Scott A, Feist, Adam M, Mo, Monica L, Hannum, Gregory, Palsson, Bernhard Ø, Herrgard, Markus J

Журнал:

Nature Protocols

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 359 KB

english, 2007

Reconstruction of biochemical networks in microorganisms

Feist, Adam M., Herrgård, Markus J., Thiele, Ines, Reed, Jennie L., Palsson, Bernhard Ø.

Журнал:

Nature Reviews Microbiology

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 539 KB

english, 2008

Connecting extracellular metabolomic measurements to intracellular flux states in yeast

Monica L Mo, Bernhard Ø Palsson, Markus J Herrgård

Журнал:

BMC Systems Biology

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.53 MB

english, 2009

Decomposing complex reaction networks using random sampling, principal component analysis and basis rotation

Christian L Barrett, Markus J Herrgard, Bernhard Palsson

Журнал:

BMC Systems Biology

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 472 KB

english, 2009

Flagellar Biosynthesis In Silico: Building Quantitative Models of Regulatory Networks

Markus J Herrgård, Bernhard Ø Palsson

Журнал:

Cell

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 38 KB

english, 2004

Multi-scale modeling for sustainable chemical production

Zhuang, Kai, Bakshi, Bhavik R., Herrgård, Markus J.

Журнал:

Biotechnology Journal

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 588 KB

english, 2013

Library sequencing strategies for comparative analysis of stress resistance mechanisms in Escherichia coli strains

Lennen, Rebecca, Bonde, Ida, Koza, Anna, Herrgård, Markus

Журнал:

New Biotechnology

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 71 KB

english, 2014

ANALYZING THE GENOMIC VARIATION OF MICROBIAL CELL FACTORIES IN THE ERA OF “NEW BIOTECHNOLOGY”

Herrgård, Markus, Panagiotou, Gianni

Журнал:

Computational and Structural Biotechnology Journal

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.87 MB

english, 2012

Evolution reveals a glutathione-dependent mechanism of 3-hydroxypropionic acid tolerance

Kildegaard, Kanchana R., Hallström, Björn M., Blicher, Thomas H., Sonnenschein, Nikolaus, Jensen, Niels B., Sherstyk, Svetlana, Harrison, Scott J., Maury, Jérôme, Herrgård, Markus J., Juncker, Agniesz

Журнал:

Metabolic Engineering

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.35 MB

english, 2014

Establishing a synthetic pathway for high-level production of 3-hydroxypropionic acid in Saccharomyces cerevisiae via β-alanine

Borodina, Irina, Kildegaard, Kanchana R., Jensen, Niels B., Blicher, Thomas H., Maury, Jérôme, Sherstyk, Svetlana, Schneider, Konstantin, Lamosa, Pedro, Herrgård, Markus J., Rosenstand, Inger, Öberg,

Журнал:

Metabolic Engineering

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.33 MB

english, 2015

The Uses and Future Prospects of Metabolomics and Targeted Metabolite Profiling in Cell Factory Development

Harrison, Scott J., Herrgård, Markus J.

Журнал:

Industrial Biotechnology

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 375 KB

english, 2013

Multiplex metabolic pathway engineering using CRISPR/Cas9 in Saccharomyces cerevisiae

Jakočiūnas, Tadas, Bonde, Ida, Herrgård, Markus, Harrison, Scott J., Kristensen, Mette, Pedersen, Lasse E., Jensen, Michael K., Keasling, Jay D.

Журнал:

Metabolic Engineering

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 767 KB

english, 2015

Enhanced Protein Production in Escherichia coli by Optimization of Cloning Scars at the Vector–Coding Sequence Junction

Mirzadeh, Kiavash, Martínez, Virginia, Toddo, Stephen, Guntur, Suchithra, Herrgård, Markus J., Elofsson, Arne, Nørholm, Morten H. H., Daley, Daniel O.

Журнал:

ACS Synthetic Biology

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.19 MB

english, 2015

Pharmacogenomic and clinical data link non-pharmacokinetic metabolic dysregulation to drug side effect pathogenesis

Zielinski, Daniel C., Filipp, Fabian V., Bordbar, Aarash, Jensen, Kasper, Smith, Jeffrey W., Herrgard, Markus J., Mo, Monica L., Palsson, Bernhard O.

Журнал:

Nature Communications

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 5.44 MB

english, 2015

Multi-scale exploration of the technical, economic, and environmental dimensions of bio-based chemical production

Zhuang, Kai H., Herrgård, Markus J.

Журнал:

Metabolic Engineering

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 827 KB

english, 2015

Identification of Genome-Scale Metabolic Network Models Using Experimentally Measured Flux Profiles

Herrgård, Markus J., Fong, Stephen S., Palsson, Bernhard Ø.

Журнал:

PLoS Computational Biology

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 511 KB

english, 2006

Co-evolution of strain design methods based on flux balance and elementary mode analysis

Machado, Daniel, Herrgård, Markus J.

Журнал:

Metabolic Engineering Communications

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.25 MB

english, 2015

Predictable tuning of protein expression in bacteria

Bonde, Mads T, Pedersen, Margit, Klausen, Michael S, Jensen, Sheila I, Wulff, Tune, Harrison, Scott, Nielsen, Alex T, Herrgård, Markus J, Sommer, Morten O A

Журнал:

Nature Methods

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 745 KB

english, 2016

Transient overexpression of DNA adenine methylase enables efficient and mobile genome engineering with reduced off-target effects

Lennen, Rebecca M., Nilsson Wallin, Annika I., Pedersen, Margit, Bonde, Mads, Luo, Hao, Herrgård, Markus J., Sommer, Morten O. A.

Журнал:

Nucleic Acids Research

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.20 MB

english, 2016

Increased production of L-serine in Escherichia coli through Adaptive Laboratory Evolution

Mundhada, Hemanshu, Miguel, Jose S., Schneider, Konstantin, Koza, Anna, Christensen, Hanne B., Klein, Tobias, Phaneuf, Patrick V., Herrgard, Markus, Feist, Adam M., Nielsen, Alex T.

Журнал:

Metabolic Engineering

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.82 MB

english, 2016

Seven gene deletions in seven days: Fast generation of Escherichia coli strains tolerant to acetate and osmotic stress

Jensen, Sheila I., Lennen, Rebecca M., Herrgård, Markus J., Nielsen, Alex T.

Журнал:

Scientific Reports

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 844 KB

english, 2015

Systems biology solutions for biochemical production challenges

Hansen, Anne Sofie Lærke, Lennen, Rebecca M., Sonnenschein, Nikolaus, Herrgård, Markus J

Журнал:

Current Opinion in Biotechnology

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 953 KB

english, 2017

MARSI: metabolite analogues for rational strain improvement

Cardoso, João G R, Zeidan, Ahmad A, Jensen, Kristian, Sonnenschein, Nikolaus, Neves, Ana Rute, Herrgård, Markus J, Wren, Jonathan

Журнал:

Bioinformatics

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 327 KB

english, 2018

RapidRIP quantifies the intracellular metabolome of 7 industrial strains of E. coli

McCloskey, Douglas, Xu, Julia, Schrübbers, Lars, Christensen, Hanne B., Herrgård, Markus J.

Журнал:

Metabolic Engineering

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 804 KB

english, 2018

Generation of a platform strain for ionic liquid tolerance using adaptive laboratory evolution

Mohamed, Elsayed T., Wang, Shizeng, Lennen, Rebecca M., Herrgård, Markus J., Simmons, Blake A., Singer, Steven W., Feist, Adam M.

Журнал:

Microbial Cell Factories

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.67 MB

english, 2017

Stoichiometric Representation of Gene–Protein–Reaction Associations Leverages Constraint-Based Analysis from Reaction to Gene-Level Phenotype Prediction

Machado, Daniel, Herrgård, Markus J., Rocha, Isabel, Patil, Kiran Raosaheb

Журнал:

PLoS Computational Biology

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.32 MB

english, 2016

Metagenomes from High-Temperature Chemotrophic Systems Reveal Geochemical Controls on Microbial Community Structure and Function

Inskeep, William P., Rusch, Douglas B., Jay, Zackary J., Herrgard, Markus J., Kozubal, Mark A., Richardson, Toby H., Macur, Richard E., Hamamura, Natsuko, Jennings, Ryan deM., Fouke, Bruce W., Reysenb

Журнал:

PLoS ONE

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 6.53 MB

english, 2010

EasyCloneMulti: A Set of Vectors for Simultaneous and Multiple Genomic Integrations in Saccharomyces cerevisiae

Maury, Jérôme, Germann, Susanne M., Baallal Jacobsen, Simo Abdessamad, Jensen, Niels B., Kildegaard, Kanchana R., Herrgård, Markus J., Schneider, Konstantin, Koza, Anna, Forster, Jochen, Nielsen, Jens

Журнал:

PLoS ONE

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.13 MB

english, 2016

Microbial Methylotrophic Metabolism: Recent Metabolic Modeling Efforts And Their Applications In Industrial Biotechnology

Lieven, Christian, Herrgård, Markus J., Sonnenschein, Nikolaus

Журнал:

Biotechnology Journal

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 927 KB

english, 2018

Modeling the Contribution of Allosteric Regulation for Flux Control in the Central Carbon Metabolism of E. coli

Machado, Daniel, Herrgård, Markus J., Rocha, Isabel

Журнал:

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 11.65 MB

english, 2015

Community Structure and Function of High-Temperature Chlorophototrophic Microbial Mats Inhabiting Diverse Geothermal Environments

Klatt, Christian G., Inskeep, William P., Herrgard, Markus J., Jay, Zackary J., Rusch, Douglas B., Tringe, Susannah G., Niki Parenteau, M., Ward, David M., Boomer, Sarah M., Bryant, Donald A., Mille

Журнал:

Frontiers in Microbiology

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.83 MB

english, 2013

Phylogenetic and Functional Analysis of Metagenome Sequence from High-Temperature Archaeal Habitats Demonstrate Linkages between Metabolic Potential and Geochemistry

Inskeep, William P., Jay, Zackary J., Herrgard, Markus J., Kozubal, Mark A., Rusch, Douglas B., Tringe, Susannah G., Macur, Richard E., Jennings, Ryan deM., Boyd, Eric S., Spear, John R., Roberto, Fra

Журнал:

Frontiers in Microbiology

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.82 MB

english, 2013

Metagenome Sequence Analysis of Filamentous Microbial Communities Obtained from Geochemically Distinct Geothermal Channels Reveals Specialization of Three Aquificales Lineages

Takacs-Vesbach, Cristina, Inskeep, William P., Jay, Zackary J., Herrgard, Markus J., Rusch, Douglas B., Tringe, Susannah G., Kozubal, Mark A., Hamamura, Natsuko, Macur, Richard E., Fouke, Bruce W., Re

Журнал:

Frontiers in Microbiology

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 13.40 MB

english, 2013

Selecting the Best: Evolutionary Engineering of Chemical Production in Microbes

Shepelin, Denis, Hansen, Anne, Lennen, Rebecca, Luo, Hao, Herrgård, Markus

Журнал:

Genes

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.61 MB

english, 2018

Analysis of Pseudomonas putida growth on non-trivial carbon sources using transcriptomics and genome-scale modeling

D'Arrigo, Isotta, Cardoso, João G. R., Rennig, Maja, Sonnenschein, Nikolaus, Herrgård, Markus J., Long, Katherine S.

Журнал:

Environmental Microbiology Reports

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.11 MB

english, 2018

Integration of enzymatic data in Bacillus subtilis genome-scale metabolic model improves phenotype predictions and enables in silico design of poly-γ-glutamic acid production strains

Massaiu, Ilaria, Pasotti, Lorenzo, Sonnenschein, Nikolaus, Rama, Erlinda, Cavaletti, Matteo, Magni, Paolo, Calvio, Cinzia, Herrgård, Markus J.

Журнал:

Microbial Cell Factories

Рік:

2019

Файл:

PDF, 3.22 MB

2019

OptCouple: Joint simulation of gene knockouts, insertions and medium modifications for prediction of growth-coupled strain designs

Jensen, Kristian, Broeken, Valentijn, Hansen, Anne Sofie Lærke, Sonnenschein, Nikolaus, Herrgård, Markus J.

Журнал:

Metabolic Engineering Communications

Рік:

2019

Файл:

PDF, 1.48 MB

2019